Prema legendi Trakošćan je svoje ime dobio po tračkoj utvrdi (arx Thacorum) koja je navodno postojala u vrijeme antike. Druga sačuvana predaja govori, da je ime dobio po vitezovima Drachenstein koji su u ranom srednjem vijeku gospodarili tim krajevima.

Toponim Trakošćan prvi se puta spominje u pisanim dokumentima 1334. godine. Gospodari utvrde u prvim stoljećima nisu poznati, tek znamo da su od kraja 14. st. vlasnici grofovi Celjski, koji istovremeno gospodare čitavom Zagorskom grofovijom. Uskoro ta obitelj izumire i Trakošćan dijeli sudbinu ostalih njihovih gradova i posjeda koji se usitnjavaju, i mijenjaju razne gospodare. U toj podjeli Trakošćan, kao jedinstveno imanje, pripada najprije vojskovođi Janu Vitovcu, zatim Ivanišu Korvinu, koji ga poklanja svome podbanu Ivanu Gyulayu. Ova obitelj zadržava dvorac kroz tri generacije, te izumire 1566., a vlastelinstvo preuzima država.

Za učinjene usluge kralj Maximilijan dodjeljuje vlastelinstvo Jurju Draškoviću (1525-1587), najprije osobno, a potom na nasljedno uživanje. Tako je konačno 1584. Trakošćan stekla obitelj Drašković.

U razdoblju procvata izgradnje dvoraca u Hrvatskom zagorju, u drugoj polovici 18. st., dolazi do napuštanja Trakošćana. Zapušten, počinje naglo propadati, pa se tek polovinom 19. st., obitelj ponovno zanima za svoj titularni grad, u duhu novog vremena, romantičnog povratka prirodi i obiteljskim tradicijama. U tom duhu podmaršal Juraj V. Drašković grad obnavlja u rezidencijalni dvorac, a parkovni okoliš pretvara u romantičarski perivoj. Iduće generacije povremeno borave u Trakošćanu sve do 1944. kad se iseljavaju u Austriju, ubrzo zatim dvorac je nacionaliziran.

1953. osnovan je muzej sa stalnim postavom. Danas je dvorac u vlasništvu Republike Hrvatske.